システム情報研究科　コンピュータサイエンス専攻　科目一覧　- シラバス -

基礎計算生物学
担当教員	櫻井鉄也、庄司光男、稲垣祐司、牧野昭二、佐藤三久、保國惠一
電子メール	sakurai@cs.tsukuba.ac.jp, yuji@ccs.tsukuba.ac.jp, mshoji@ccs.tsukuba.ac.jp, maki@tara.tsukuba.ac.jp, msato@cs.tsukuba.ac.jp, morikuni@cs.tsukuba.ac.jp
URL
オフィスアワー
科目番号	01CH107,02RA210
分野	数理情報工学
基礎／専門の別
授業形態	講義
開講学期	秋AB
時限	木1,2
教室	3B301
キーワード	計算科学、計算生物学、高性能計算
Keyword	Computational Science, Computational Biology, High Performance Computing
前提条件
学位プログラム・コンピテンスとの関係	知の活用力,研究力,知識力
学習目標
概要	本講義では、計算機を用いて生物学で現れる各種の問題を解くための基礎的な手法について理解する。分子系統解析、分子動力学法、現象のモデル化とアルゴリズム、成分分析法、高性能計算について説明する。
授業計画	第1週　モデリングとアルゴリズム(1) 講義概要、数式による現象のモデリングと数値シミュレーション第2週　モデリングとアルゴリズム(2) 計算アルゴリズム、分子シミュレーションと固有値解法第3週　生物多様性の概要地球上の生物の多様性についての概要、真核生物の大系統の概要第4週　分子系統解析の基礎最大節約法、距離法、最尤法、樹形探索第5週　理論的計算法古典分子動力学法の基礎、その適用例について第6週　量子力学計算法第一原理計算法と密度汎関数法の基礎、その適用例について第7週　独立成分分析法と信号分離独立成分分析法の基礎、信号分離への応用第8週　スパース成分分析法と信号分離スパース成分分析法の基礎、信号分離への応用第9週　高性能計算技術(1) 並列処理の基礎、並列システム第10週　高性能計算技術(2) 並列プログラミング、高性能計算技術の動向・課題
教科書
参考書
成績評価	取組状況、レポートによって評価する
TF・TA
その他の情報