University of Tsukuba | Grad. Scho. Syst. and Info. Eng. | Dept. Comp. Sci. | List of Lectures
基礎計算生物学
Instructor(s)
櫻井鉄也、庄司光男、稲垣祐司、牧野昭二、佐藤三久
E-Mail sakurai@cs.tsukuba.ac.jp, yuji@ccs.tsukuba.ac.jp, mshoji@ccs.tsukuba.ac.jp, maki@tara.tsukuba.ac.jp, msato@cs.tsukuba.ac.jp
URL
Office hours
Cource# 01CH107
Area 数理情報工学
Course style 講義
Term 秋BC
Period 木1,2
Room# 3B301
Outline 本講義では、計算機を用いて生物学で現れる各種の問題を解くための 基礎的な手法について理解する。分子系統解析、分子動力学法、現象 のモデル化とアルゴリズム、成分分析法、高性能計算について説明す る。
Keywords Computational Science, Computational Biology, High Performance Computing
Prerequisites
Course plan
  1. 第1週　モデリングとアルゴリズム(1)
    講義概要、数式による現象のモデリングと数値シミュレーション
  2. 第2週　モデリングとアルゴリズム(2)
    計算アルゴリズム、分子シミュレーションと固有値解法
  3. 第3週　生物多様性の概要
    地球上の生物の多様性についての概要、真核生物の大系統の概要
  4. 第4週　分子系統解析の基礎
    最大節約法、距離法、最尤法、樹形探索
  5. 第5週　理論的計算法
    古典分子動力学法の基礎、その適用例について
  6. 第6週　量子力学計算法
    第一原理計算法と密度汎関数法の基礎、その適用例について
  7. 第7週　独立成分分析法と信号分離
    独立成分分析法の基礎、信号分離への応用
  8. 第8週　スパース成分分析法と信号分離
    スパース成分分析法の基礎、信号分離への応用
  9. 第9週　高性能計算技術(1)
    並列処理の基礎、並列システム
  10. 第10週　高性能計算技術(2)
    並列プログラミング、高性能計算技術の動向・課題
Textbook
References
Evaluation 出席状況、レポートによって評価する
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